《光之心》的故事开始于一天，男主人公里克在温达里亚岛海岸发现了一个名叫惠叶的神秘女孩。后来，她发现自己的记忆和情绪已经丧失，通过与岛上居民的精神交流，慧叶逐渐恢复了自己的情绪。
总有一天不论如何都要一起制作动画——上山高中动画同好会的5人向葫芦屋的甜甜圈如此起誓。她们毕业以后，分别在各自的岗位从事动画制作，并通过《第三飞行少女队》而接近了自己的梦想。 4年后——。
日本科学技术大学教授上田次郎（阿部宽饰）是一位物理学家，因为出版了《滚过来，超常现象》系列丛书而被别人称作“滚过来”教授。这些书描述了他破解诸多自称超能力者的骗局的故事。其实，真正破解这些圈套的是一位落魄的魔术师。
