Alan(由Kaji Yuki配音)、Sanri(由Ishikawa饰演)和Ani(由岛村由纪饰演)是住在高墙后面的孩子。艾伦讨厌调查团越来越懒惰的作风,他相信巨人们总有一天会对人类发动更猛烈的攻击。不幸的是,艾伦的预言实现了,一个巨大的巨人打碎了围墙,在人类的最后一片净土上肆虐。灾难发生后,幸存的艾伦和他的团队加入了调查小组,艾伦和桑里发誓要为他们已故的母亲报仇。
一天,一艘名为“I401”的潜艇出现在她面前。就这样,这群人成了潜艇的驾驶员。4月1日,一群同志聚集在潜艇里,怀抱着拯救人类的伟大理想,包括黑暗无忧无虑的吉原义弘(宫泽义弘配音)、温柔机智的八一静香(富山直也配音)、戴着面具的神秘编织和尚(松本鸣人配音)和活泼可爱敏捷的伊豆(津田美波配音),为了夺回本应属于人类的领土,与敌人展开了一场激烈的战斗。