与此同时，一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面，柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时，柯南接到重亚昂（赤井水一饰）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相，柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船，并进入该设施。之后，在稳步准备系统启动的设施中，发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架，她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻，在八丈岛上的阿石原爱身边，也有一道黑影悄然靠近
年轻的女孩Saki沉浸在失明的痛苦中，两人绝望地拥抱在一起寻求安慰。这种禁忌的爱情能解决吗？
故事发生在一所名为第三届东京西弘NERV的学校，校长是严肃沉默寡言的德川一原（Tomohiki配音）。作为校长的儿子，日娜·真嗣（由绪方惠美配音）感受到了很大的压力。
