“私立天翔学园”位于巨大学园都市群的第七学区。 心事重重又不善言辞的转学生音之宫朔,在与歌唱社团和考古学社团中个性丰富的同学相处后,感受到与同伴们相处的愉悦。彼らに対抗できるのは、「ペルソナ」と呼ばれる特殊能力を持つ者たちだけだった。私立月光館学園に転校してきた結城理はペルソナの力に目覚め、同じペルソナ使いたちで構成される特別課外活動部に引き入れられる。しかし、部員たちはそれぞれの理由で影時間の真相を追う中、想像を絶する運命と対峙することになる。