Emma独自住在一座大豪宅里，那里的破败和荒凉充分展示了她和老人被时间遗忘的痕迹。对于Emma的奇怪行为，嘉云只觉得是她的神经出了问题。随着时间的推移，嘉云觉得这所房子的阴影里似乎隐藏着某种极其可怕的东西。从废弃的楼梯上传来声音，一个长相奇怪的男孩一闪而过，所有的迹象都指向一个点——在这座古老的房子里，她是不受欢迎的人。这里发生了什么样的故事，导致我们周围人的一再不幸导致了现在的诅咒？嘉云决心调查到底。
柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。
丹羽长秀（小日向文世 饰）和笔头家老柴田胜家（役所广司 饰）主推信长的三子信孝（坂东巳之助 饰）；另一方是讨伐光秀而声名鹊起的猴子羽柴秀吉（大泉洋 饰），他在军师黑田官兵卫（寺岛进 饰）辅佐下力推信长的次子信雄（妻夫木聪 饰）。双方各自争取信长的妹妹阿市（铃木京香 饰）的支持，同时争取一切可以争取到的力量。 决定历史走向的清须会议召开在即，谁才是最终的胜者？
