21世纪，地球恢复了往日的平静，但此时，一颗陨石从宇宙中坠落，陨石上有一个人造的时间胶囊。地球和平联盟TPC的GUTS团队通过时间胶囊了解到，地球上将发生重大灾难。
是时，全副武装的斑马警察倾巢出动，对仍滞留街上的市民展开毫不留情的大屠杀。邪恶的相原公藏（ガダルカナル·タカ 饰）和她的女儿斑马皇后（仲里依紗 饰）统治着这里，在其强大的暴力阴影下，从者众而逆者寡。 某天，专门收容被斑马警察伤害的白马之家迎来了一位不寻常的病人。他就是消失15年之久的市川，但他对从前的事情一概不知。市川的学生晋平（井上正大 饰）和伙伴们悉心照料着他，希望市川早日恢复斑马人的英姿，带人民脱离苦海……
柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。
