半年前，一系列的遭遇彻底改变了小学三年级学生高木直也（田村由里配音）的生活。作为一个神奇的女孩，她遇到了她可爱的小朋友Yuno Screaya（水木和树饰演），并通过与Fiat Testrosa（水木直也配音）深深锁住的秘密和麻烦的一系列激烈战斗，成为了一个难忘的朋友。新学期开始时，巴菲特以小学生的身份转到奈耶的班上，一切似乎都进入了稳定期。在一个没有任何警告的夜晚，Naiya和Fitte遭到了三名非法移民的袭击，其中包括持有黑暗之书的Vita（Mae Maeda配音），他们的法宝也被摧毁。新的危机，新的对手，一切都在朝着不可预测的方向发展
科学警备队队员光超一郎从宇宙空间站EGG3前往地球的途中与不明宇宙人遭遇，自称为"奥特曼"的宇宙人告诉他地球上的各种怪兽与超自然现象危机迫在眉睫，但奥特曼无法以宇宙人的身姿在地球上长期生活，所以便借用光超一郎的身体与之合为一体，并可以用"闪光之星"来随时变身，使人类得以应付即将到来的各种危机…作为奥特曼系列的动画版，比起特摄片有固有的优势。在这里，主角可以做以前奥特曼们无法完成的特技。同时在一话中可以有数个奥特曼和怪兽登场，而不用额外的开销。而且，怪兽的设计者们不用再被这个时代"怪兽的皮套需要适应人的体型"这一技术条件所限制。因此，他们的创造力可以无限发挥。
不过店主（北村弘一 饰）叮嘱，无论如何千万不能将蛋放在头顶，否则将由可怕的事情发生。不幸的是，乱马无意中将蛋放在了九能的头上，一只长相奇怪的鸟儿诞生了。它帮助九能成为足以打败任何对手的强者。争强好胜的乱马无论如何都要挽回面子…… 本片根据高桥留美子的漫画《乱马1/2》改编，系该动画的剧场版第3部。
