与此同时，一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面，柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时，柯南接到重亚昂（赤井水一饰）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相，柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船，并进入该设施。之后，在稳步准备系统启动的设施中，发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架，她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻，在八丈岛上的阿石原爱身边，也有一道黑影悄然靠近
传说中的百人斩万次（木村拓哉 饰），曾经经历了失去妹妹的痛苦，此后失去升至希望的他，被一个神秘的老婆婆赋予了不死之身的能力。可是永世的伴随永恒的痛苦，万次始终不忘寻找终结永恒的机缘。这一日，少女浅野凛（杉咲花 饰）找上门来。
樱井奈奈（花泽香菜 配音）是一位平凡而又善良的可爱女生，某日，奈奈在网上看到了方南STRIDE部比赛的画面，被这项穿梭在大街小巷之中的运动深深吸引，产生了加入的念头。就这样，奈奈进入方南高中，加入了STRIDE部，开始了在这里的学习生活。
