从“上城”前往“外围”赴任的年轻女刑警·索妮娅,在追查种种事件的过程中,遇到了为保护人类而战的三个丑陋的人。他们究竟是什么人……? 这三个“妖怪人”,各怀心思地隐藏真身生活着。希望通过铲除为害人间的“恶”而成为人类的“贝姆”;憧憬人类,希望通过和人类上同样的学校来理解人类,以成为人类为目标的“贝拉”;看透人类和世间,冷淡地沉浸于游戏世界的“贝罗”。他们在各种各样的事件中,以及与人类相互接触的过程中,不断受伤,不断烦恼。即使为了人类而战,但他们丑陋的样貌决不可能被人类所接纳……。 有一个人正寻找着这样的三人。操纵着暗中控制里布拉市的“看不见的议会”、企图掌控贝姆等三人的她,究竟有何目的?
经过一番激战,泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。 在地球上,人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库(storage)”。在这支部队中有一位热血青年——夏川春树。 宇宙怪兽到达地球的那一刻,泽塔奥特曼和春树相遇了。自此两位热血青年的战斗故事开始了 。