在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切,一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
故事以女高中生进行登山活动为主题,讲述了喜欢室内活动并患有恐高症的主角葵,在重遇喜欢户外活动的青梅竹马朋友日向后,因希望能像儿时在山顶看日出,而再次进行登山活动。
一个美丽的周末假期,野原慎二(Yashima Keiko配音)和他的父亲浩(Fujihara Keiji配音)去看了一部关于机器人的科幻电影。离开电影后,这对父子兴奋地玩了一个组合游戏,但令他们惊讶的是,宏不小心扭了腰。