而在两个组织的干部口中,提及着神秘的“大机器计划”…… 为了搞清楚这场战争的来龙去脉,假面骑士Fourze和Go-Busters乘坐Den-Liner回到过去……明治维新时期,敌我双方都为各自的理想和目标而英勇斗争。在这一时期,名人和爱国者不断涌现:大久保·汤本、木谷晃悠、坂本龙马和冈田将军。为了推动新时代的到来,改革派采取了暗杀手段,费村建新就是众多暗杀者之一。