某日,恭介突然表示要成立一支棒球队伍, 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中,理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会,潜入女生宿舍时被换上女装,一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情, 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中,理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而,这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及,理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语,自此开始——。
从那时起,五年过去了。亚马逊几乎被驱逐,世界正在走向和平。然而,感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大,政府成立了一个新的4C组织,秘密驱逐亚马逊化的人类。其中,童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。