医生承认，他的生命只剩下两年了，饱受疾病折磨的霍金陷入了抑郁症。然而，简并没有因此抛弃他。相反，经过几番波折，两人步入了婚姻的殿堂，简也为霍金生下了一个活泼可爱的孩子。霍金的身体迅速衰弱，同时他在学术研究中取得了一项又一项的成就。为了照顾霍金，简心甘情愿地成为了“他背后的女人”，但这也成为了他们幸福婚姻的第一道裂缝。
涩谷的中心部跳跃到了300多年以后的“未来”。等在那里的是广袤无边的荒野与森林、散布各处的废墟……以及未来人“revisions”和他们所操纵的巨大机械怪物。 不明原因地遭到怪物蹂躏的涩谷，如同前来拯救它一般而现身的是，与绑架事件中大介的恩人同名且相貌一模一样的少女·米洛。她为大介等人提供了只有他们能够操纵的人形兵器“提线木偶”，并要求他们守护涩谷。 绑架事件的恩人——米洛的预言“守护同伴的命运”，深信着此事活下去的大介，为终将到访的危机以及获得的力量而欢喜。但，5名儿时好友的牵绊由于绑架事件的影响，而变得四分五裂。 孤立的城市。未知的敌人。未确定的过去与命运的预言。少年少女们，为了取回“现在”而与“未来”战斗。一定要回到原本的时代——
