茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
在短短半年内，六具未命名的男性尸体漂到了濑户内海的一个小岛上。这一系列神秘事件引发了广泛的猜测，该岛甚至被冠以“尸体岛”的可怕名字。英俊而有才华的科学家兼私家侦探玉手实介（Yuki Hiroshi饰演）从编辑小川美雪（Alice Hirose饰演）那里听到了尸体岛的传说，这引起了他无限的好奇心，并立即启程飞往濑户内海。经过调查，很快确定所有六具尸体都来自广岛县福山市。当然，匿名尸体的出现并不止于此。不久之后，一具突然死亡的外国妇女的尸体被发现，此外，另一男一女被拘留在某瀑布。几个案例错综复杂，玉手洗甚至可以追溯到战国和江户之交发生的重大事件。被错综复杂的线索包裹着的真相逐渐浮出水面
