五郎的国小同学花子，是名寡妇，她凭著家庭主妇的敏锐触角，锐意改革「正直屋」，改善寿司、肉类、鲜鱼等多包装流程。虽然最初部门主管各据山头，抗拒改革，但花子对「正直屋」不离不弃，最终扭转乾坤，说服部门主管与「正直屋」共存亡，令「正直屋」不但只卖新鲜食品，更体贴眾太太的需要，令她们安心购物。「正直屋」最终於元旦倾销中突围而出，顾客大排长龙，彻底击败「减价大王」。
与此同时，一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面，柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时，柯南接到重亚昂（赤井水一饰）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相，柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船，并进入该设施。之后，在稳步准备系统启动的设施中，发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架，她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻，在八丈岛上的阿石原爱身边，也有一道黑影悄然靠近
小学六年级的Naotai和一个高中女生在一起真的很漂亮。Naotai哥哥的女朋友正在国外留学，正在河边共度时光。这本应是普通日子的延续，但最终以传说中的蜜蜂女孩静子驾驶电车与智泰相撞而告终。Naoto的头上长出了奇怪的角！而景子竟然成为了直太家族的仆人，进入了直太家。静子的秘密和她经常背诵的“FLCL”的含义给直藤的生活带来了巨大的变化。
