1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……
在一次事故中,秋山信贵(由秋山奈良配音)的全家死于神秘组织“七星”之下。僧侣田神治(藤原纪司配音)发现了真嗣那的尸体,并使用秘密技巧使她复活,成为一个拥有超自然力量的尸妃。作为一个尸体女王,真吉娜的敌人是她自己的“尸体”。