夏天来临之际，病情一直很平稳的由美，晕倒在了学校里，此时的上条恰恰好不在她的身旁。之后，由美休了学，决定前往轻井泽疗养。本来只是为了完成任务的上条，在和由美的相处之中渐渐的真心爱上了这个单纯烂漫的可怜女孩，但这段感情注定是绝望的，要以死亡来做句读。
三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
掌管天下情人事务的小仙女米桃，由于对爱情的不了解，导致许多情人分手。因此，爱的女神派她去了解世界上的爱。她想让没有勇气冒险恋爱的海胆对暗恋多年的小惠说一句“我爱你”，以完成任务。海胆、小惠和罗纳德是儿时的玩伴。
