新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来, 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员, 与研究所员齐心协力,面对强大的敌人! 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身!SHINKALION!
50年前,打算成为真正怪物的犬夜叉为了获得四魂玉,遇到了强大的精神女巫桔梗。在一起呆了一段时间后,两人发展了关系。犬夜叉因此希望成为人类,桔梗也计划在净化四魂玉后回归普通生活。然而,对桔梗怀有邪恶想法的偷蜘蛛将自己的灵魂和身体交给了怪物,然后转世成为邪恶的半恶魔奈良。在他的唆使下,犬夜叉被桔梗封印在神木上,身受重伤的桔梗也在悲伤和绝望中死去。桔梗转世的卡格救了犬夜叉,但不小心把四魂玉射成了碎片。为了取回碎片,她和她的同伴,包括七宝、弥勒、珊瑚,以及犬夜叉一起踏上了一段充满困难和障碍的旅程