之后,一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人,而为首的,竟然是双叶里的里长四膳守(山寺宏一 配音)。原来,四膳首是一位激进的环保主义着,妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物,而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物,四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚(后藤邑子 配音)的帮助下,小新一行人成功出逃,他们和春日部防卫队一起,决心破解四膳守的阴谋。
两年前,加贺光一郎(安倍昭惠饰演)还是多摩警察局的一名刑事官员。此时,他的父亲(山崎聪饰)病重住院,但加贺从未来访,父子之间的隔阂很难打破。就在这一天,Gaga管辖区发生了一起凶杀案。年仅6岁的女孩井上春太在附近的一个居民区被一名初中生杀害。