《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
时间是不远的将来，地点是日本。警察部队正在追捕由机器人领导的奇怪暴乱团体，但在敌人的火力下，警察显得很脆弱。英勇的女警官秋夏子的名字挂在了绳子上，但幸运的是，她被一个突然出现的神秘女人救了下来。
When an encounter with a swinging scene had an unexpected impact on David's incompetence, Alice thought she might have found a way to solve all of their problems, but for a love story, the amorous world is a difficult place to thrive.
