故事发生在日本江户时代，当时一名神秘男子出现在武士桂（石田明配音）面前。他手里拿着魔剑“红樱”，要求对其进行测试。当晚之后，桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松伸树配音）从万石屋找到了信高（Naomiya Rihui配音）和信矢加（Sakaguchi Daisuke配音），并委托他们寻找主人的下落。与此同时，银石（杉田智和饰）也被委托寻找调皮捣蛋的红樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上，由于远离警方的管辖范围，飞艇内的邪恶势力被完全隐藏起来。在那里，银石遇到了他的前战友、现任对手高崎信三（由齐安武史配音），他正带领他的幽灵军队试图摧毁江户。一边是令人发指的恐怖分子，另一边是残忍嗜血的妖刀红鹰。身受重伤的银石能否安全逃生，拯救江户？这部剧场版翻拍了《银魂》动画中的《红樱物语》，没有出现在原作中的真选组也将在故事中展示他们的技巧。
故事发生在风景如画宁静祥和的镰仓，橘一夏（本多阳子 配音）是出生和生活在这里的平凡中学二年级女孩。性格温文尔雅跟所有人都能成为朋友的篁萤子（落合祐里香 配音）、性格活泼开朗元气满满运动神经十分发达的多岐川皋月（川上伦子 配音）和身世非常神秘常常展现出超越了年龄的成熟与知性的宗方未知留（田村由香里 配音），这三名性格迥异的女孩是橘一夏的好友，四人之间感情十分要好。 在学期的最后一天，一夏离开学校之后发现自己十分珍爱的护身符丢在了教室，于是返回了学校，在那里，一夏邂逅了名为黑城舞夏（浅野真澄 配音）的少女。命运的齿轮开始了转动。
