一位名叫小日香大河(24岁)的男工人是一位单身母亲和孩子,情商为零,由于未知原因产生自卑感,在上班路上的一次“小事故”中,他第一次坠入了爱河。他爱上了他的姐姐Kota Toei(32岁),她有着孩童般的外表和巨大的胸部。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。