数年后,在人类与“柱”持续战斗的天空中,身披战翼的女武神们以及支援者女武神的男人们,为了拯救世界而拼上性命翱翔天际。日本也不例外,与耸立于灵峰富士的巨大柱对峙的3名女武神。她们每个人都具备强劲的能力,但却都是些问题儿童。此时,一位王牌飞行员因某些缘由从欧洲前来…… “来吧,是反击的时候了,人类。终将来临的决战之日——诸神的黄昏已近在眼前。”
在过去的几百年里,月球和地球之间的关系终于缓和了,两者建立了“曼辛萨基中央联络港口城市”作为沟通渠道。浅野代也(千叶进步配音)是一个普通的年轻人,曾就读于Manshinasaki大学附属的卡特里娜学院。Daiya很小就失去了父亲,与妹妹Sayaka(本山美奈配音)和妹妹Mayi(安久信配音)过着相互依赖的生活。有一天,Sayaka告诉Daza,月亮公主要来访问地球,他们的家成了公主的临时住所。