三人回忆起小学时光,约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里,他们居然遇到了归国的松冈凛(宫野真守 配音)。意料之外的是,昔日战友凛性情大变,还对遥发起挑战,结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部,经过多番努力后,终于招募到了新成员龙崎怜(平川大辅 配音),他们以县大赛冠军为目标,进行紧张的集训。另一方面,凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定,要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部,在这个夏天,开始了关于友情与青春的Free!故事。
故事告诉孙策伯父带领一群南洋大学的人前往京都进行“冀鄂之旅”,而京都一位身穿“道鄂”的全新战士正在等待他们,他继承了战国勇士的灵魂。一场以京都地区为舞台的全新战役即将开始。剧情与原版动漫没有太大关系,它类似于日本以外的一集。