动画的故事舞台设定在现代的涩谷之中。主角织田龙平在小学时目击过憧憬的哥哥的神秘死亡现场。现在是高中生的他,早已摆脱了当时的恶梦。和平常一样练着拳击的某天晚上,他被奇怪的生物咬了一口,坠入了一个和平常不同的梦。
在目睹了隐藏在笛子中的“乌戈王”的力量后,阿里巴巴向阿拉丁发出了联合推出迷宫战略的邀请。《魔笛MAGI》动画第二季计划播放原作的《大圣母》章节。
故事发生在一个虚构的幻想世界里,在这个世界里,人类不再局限于陆地,而是可以在天空中自由飞翔。不受限制的地理条件导致了一项名为“飞行马戏团”的运动的诞生。少年吉弘(由丰坂龙太配音)曾是这一领域的种子选手,被寄予厚望。