前一部作品（第一部系列）两年前，该作品描绘了主角莫野莫果和最好的朋友佐藤和樱花的友谊，他们有一个主要联盟的父亲。Ogo和Mutsuko是小学六年级的学生，当时正值初中生的春天。Ogo去了私人森林里的棒球俱乐部，他的姐姐Izumi也经过了那里。
就这样，秦普升上了高中，她认为自己压抑的生活会继续下去。没想到，一群朋友的出现彻底改变了她的生活。Yoshizuki Masako（Fujima Rune配音）看起来无忧无虑，但有一颗非常纯洁的心，他痴迷于证明超能力的存在。川泽由里子（由Kazuka Kazuzawa配音）和骄傲天真的森谷里和（由Yurika Kubo配音）都有这些朋友陪伴。在这些朋友的帮助下，木村体验到了正能量，她与雅子的关系也发生了微妙的变化。
革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……
