地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了,曾经,在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争,亦是因为这场战争,这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里,麦亚丽和哥哥巴尔扎(藤原龙也 配音)汇合了,让大家没有想到的是,巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中,封印被解开了,那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日,而它的真实身份,竟然是超胡巴(山寺宏一 配音)。
Yite和Kazane已经完成了入伍,他们陷入了不可抗拒的命运和世界的真相
这部动画由五个故事组成:“佐治男孩”、“海防大师”、“无脸怪物”、“Yuki”和“花猫”。卖药的人(由樱井隆弘配音)携带着一个大药盒和一把撤退之剑,是每个故事的链接者。