一股平静的风吹过美丽的阿斯特拉大地。在大陆的一个角落里，失去记忆的男孩有树醒来了。他由他的小向导可可·洛、总是饥肠辘辘的美少女剑客佩科拉姆和略显冷漠的猫耳朵魔法少女凯露照顾。在命运的指引下，他们成立了一个名为“食堂”的行会。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
むかしむかし。日出国の神様は、生まれたばかりのこの地を守るために十二の神の使いを選ぶお祭りを催しました。十二支に選ばれた干支娘たちは、この地を永きに渡り守ってきました。選ばれなかった猫と共に。
