“也许曾经可以成立一个委员会”的神秘故事吸引了许多人讨论异性的经历,认为如果当时有任何变化,结果会有所不同。听了之后,委员会成员判断他们说的是“是”还是“否”。人類と怪獣との長い戦いは終結し、平和が訪れた。そんな時代に、怪獣の魂を宿し、怪獣の姿に変身できる少女“怪獣娘”たちが現れる。彼女たちを集めて結成された特別組織“GIRLS”に、新人としてアギラ、ミクラス、ウインダムの3人が配備されることに。