半年前，一系列的遭遇彻底改变了小学三年级学生高木直也（田村由里配音）的生活。作为一个神奇的女孩，她遇到了她可爱的小朋友Yuno Screaya（水木和树饰演），并通过与Fiat Testrosa（水木直也配音）深深锁住的秘密和麻烦的一系列激烈战斗，成为了一个难忘的朋友。新学期开始时，巴菲特以小学生的身份转到奈耶的班上，一切似乎都进入了稳定期。在一个没有任何警告的夜晚，Naiya和Fitte遭到了三名非法移民的袭击，其中包括持有黑暗之书的Vita（Mae Maeda配音），他们的法宝也被摧毁。新的危机，新的对手，一切都在朝着不可预测的方向发展
DCU是深度犯罪单位的缩写，他们的任务是解决案件，寻找隐藏在每一条水中的证据，例如“日本危险的河流和湖泊”，这些在传统的海上水域和警方调查中很难找到。“解开未解决的水下问题”是他们的使命。
但就在此时此刻，发生在仙神岛周边海域的不明原因海上事故正由狮王社和太史局联合调查。另一方面，古城被自己的声音唤醒了。进入他模糊记忆的场景是，那棵白雪皑皑的卷心菜蜷缩在他睡觉的毯子里，脸颊通红，哭得眼泪直流。级别高的我重要的东西不见了
