故事发生在明治64年的另一个日本,德川庆在那里掌权。该国依靠能源“龙脉”形成了融合江户和科学的独特发展。但在繁荣的背后,反体制组织“蛇”正在酝酿一场革命之火。德川政府任命了秘密组织“鵺“驱逐他。《黑礁》第二季继承了第一季的故事内容,于2006年10月2日至12月18日在日本播出。