为了解决此类案件，日本内政部直属单位公安9号，一支不存在的特种部队，在其上尉浅野素子的领导下，对邪恶势力发起了制裁。面对第九届公安，有在高度发达的技术下制造的案件，有权力和政治斗争中的阴谋，还有以笑脸人为代表的针对独立情结的犯罪。故事的第二季发生在笑脸人事件结束后。公安九班面临新的敌人，自称“个人11人”的反政府武装组织开始了一场精心策划的犯罪。其背后的战争难民问题进一步加剧了整个社会的矛盾。面对政府和犯罪分子带来的压力，浅野素子再次带领公安9班采取行动。
白天，宇久直美（樱井惠配音）是一名就读于圣波利亚学院二年级的普通女生。然而，在夜晚，她变身为侠义无赖圣女，并在朋友森三亚（井上敬子配音）的帮助下，实施劫富济贫的行动。
第三季的故事将讲述在前二季动画中，经过前所未有的激烈战斗后第三十届「QUEEN’S BLADE」最终结束。 前任女王，逢魔女王阿尔德拉被打败了，新一任的女王由雷云之将克劳迪特上任。 本身被公认是人格高尚的克劳迪特成为女王之后却性格大变，让整个大陆陷于战火的地狱之中。为了对抗这暴君的暴政及抹去人民的絶望，骑士公主安妮洛特便展开行动，与跟自己结成义姐妹的美斗士一起，扬起叛乱军的正义旗帜。安妮洛特与克劳迪特的战斗就此不可避免地终将展开，喜欢「女皇之刃」系列的大家又可以一睹众美少女战士的英姿了。
