和人类社会并行存在一个精灵的世界,那里的水精灵一百年产一次卵,新孵化的卵化身为精灵继续庇护人类社会的繁衍生息。 这一次第二皇子查克姆被选为水之精灵守护人,担负起精灵和人类的双重命运。故事发生在一年的战争期间,与第一代高达的故事相似。前往地球前线工作的年轻联邦军官斯洛·山田在一次偶然的交火中遇到了敌人,基因军的女飞行员艾娜·萨哈林。