14年前，第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击，在世界上引发了前所未有的动荡。之后，前NERV成员，如葛成梅丽（三石琴配音）逃离并建立了Wille，Wille反抗Seele和NERV。
乌丸千岁（千本木彩花 配音）拥有着人见人爱的可爱外表，然而内心里却有着和外貌相差了十万八千里的黑暗和对人类的轻蔑。千岁想要成为一名声优，为了实现理想，她进入了声优事务所工作，却发现展现在眼前的，是一个充满了明争暗斗和尔虞我诈的黑暗世界。
西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。 仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用＜人造人＞士兵展开反攻作战。 然而无限增加的＜机械生物＞阻挡在前，战争陷入胶著状态。
