当一个人在生活中面临重要的选择时，一面旗帜会被举过头顶，而看似普通的年轻旗帜瑞萨塔（Ryuta Toyasaka配音）由于一场事故获得了看到这些旗帜的特殊能力。有一天，佐藤转学到世界知名的贵族学校私立七股书院。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
故事发生在神圣时代的300年，主要讲述了初中二年级学生Yonaga Jicheng的故事。她每天在学校过着稳定的生活，上课，参加俱乐部活动，和很多朋友一起玩。
