吾妻玲二(入野自由 配音)本是一介普通的少年,一次偶然中,他被卷入了一起黑社会暗杀事件之中,作为目击证人,玲二被列入了“消抹名单”之中。组织内部的洗脑专家家塞斯(千叶一伸 配音)发现了玲二体内所隐藏的强大力量,如获至宝的他消除了玲二的记忆,取名Zwei,并致力将他培养成为新一代出色的杀人机器。 负责训练玲二的少女名叫Ein(高桓彩阳 配音),她同玲二一样没有过去的记忆。尽管Ein表面上冷静从容,但在内心里,她一直在逃避着同时作为“人”和“机器”这之间无法调节的矛盾。在和玲二相处的日子里,Ein的人性被重新唤醒,她意识到了自己危险的处境,不愿意再被人利用的Ein和玲二约定,两人决心逃出组织的掌控,重新回归自由的生活。
第三季的故事将讲述在前二季动画中,经过前所未有的激烈战斗后第三十届「QUEEN’S BLADE」最终结束。 前任女王,逢魔女王阿尔德拉被打败了,新一任的女王由雷云之将克劳迪特上任。 本身被公认是人格高尚的克劳迪特成为女王之后却性格大变,让整个大陆陷于战火的地狱之中。为了对抗这暴君的暴政及抹去人民的絶望,骑士公主安妮洛特便展开行动,与跟自己结成义姐妹的美斗士一起,扬起叛乱军的正义旗帜。安妮洛特与克劳迪特的战斗就此不可避免地终将展开,喜欢「女皇之刃」系列的大家又可以一睹众美少女战士的英姿了。
西岛秀俊、斋藤功、玉城天那、宫川大辅和三浦友和扮演的角色都是土匪组织的成员,他们彼此不透露自己的身份。他们瞄准了情人酒店内秘密黑社会组织的洗钱现场,成功完成了抢劫巨额资金的任务。尽管这些成员回到了各自的生活中,但他们开始被黑社会组织追捕。