私立樱才学园,原本是传统的女子高中,但因少子化问题影响,不得不改制为男女合校。作为改制后第一年入学的28名男性新生之一的津田隆利,偶然之下被拉入了学校的学生会。自有人类以来,“污秽”就不断的现身骚扰着人世间的安稳和宁静,为了对抗污秽,一群名为“阴阳师”的人们勇敢的站了出来,加入到了战斗之中,用他们的智慧和勇气守护着人类。