只有首相山本（石破浩饰）意识到形势的严重性，并任命田所的前妻稻盛浩（毛代一饰）为危机管理大臣，领导田所博士及其团队努力拯救日本。很快，从北海道开始，日本群岛发生了大规模地质灾害，引起了日本全国的恐慌。政府对这场灾难不知所措，唯一的海外移民政策无法应对迅速恶化的局势。日本岛屿完全沉没的现实即将展开。最终，田中博士和他的研究团队终于找到了拯救日本的方法，但这种方法的实际操作充满了困难。。。这部电影改编自日本科幻小说家小松左司的同名畅销小说。这部电影耗资20亿日元，是近年来日本电影业投资最多、推广最广的灾难片。
在东京街头，发现了几具男性尸体，这是一场由“日本种族”引发的重大骚乱。大学生金慕言（华江夏树配音）以为这一切离他很远，直到有一天晚上，他被心爱的女孩袭击，结果发现她是一个以人肉为食的物种。金木有生命危险，通过器官移植手术幸运地活了下来。
