神谕局特工高云龙（阮松阳饰演）奉命入明。在寻找之前去过的朋友曹小梅（陈家环饰演）的同时，他还追查了该组织的时空破坏阴谋，并帮助陷入了东林书院和东昌之间的纠纷。东林书院的成员相继被谋杀，但没有寻找罪犯的线索。书院的长兄叶景卿（宋廷钧饰演）最终向朝廷报告，请皇帝下令彻查谁在蛊惑人心，并直指东厂。在这一点上，一场巨大的悲痛以正义告终，而高云龙则留在了明朝继续他的职业生涯。
