高坂贤吾（林遣都 饰）是一个看上去非常阴沉的青年，因为患有非常严重的洁癖症，所以贤吾无法与其他人正常的交往，这让贤吾感到非常的痛苦。一天，一个神秘的男人找到了贤吾，交给了他一个特殊的委托，一位名叫佐薙圣（小松菜奈 饰）的女高中生因为患有视线恐惧症而不愿意去学校，神秘男子希望贤吾能够帮助这位女孩。 刚开始，阿圣对于贤吾的关注反应非常的抗拒，对他恶语相向，态度十分糟糕，但很快，与阿圣有着相似经历的贤吾就明白了，这种攻击性，只不过是阿圣自我保护的一种方式而已，这种方式他自己也非常的熟悉。渐渐地，贤吾和阿圣之间的距离渐渐靠近。
Ikashi Shinji，成为“第三次冲击”的罪魁祸首，变得像一个无用的人。。。真嗣还能振作起来吗？继2012年《福音勇士》新剧场版：Q之后，这部动画告诉了这个密封故事的续集。
三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
