曾经帅气开朗的草帽海贼团，由于路飞的胃口太大，现在已经入不敷出。迫于生计，他们向酒吧老板求助。老板引导他们进入一条深而无底的隧道。为了谋生，每个人都勇敢地走向洞穴深处。最后，他们到达了一个非常宽敞的地方，那里聚集了无数海盗团伙。
故事的时代背景是现在的人类衰退之后经过了好几个世纪，人类因为不明原因而导致出生率严重下降，未来人类的人口 大幅锐减，不要说发展，连文明的传承都没有办法了，人类正慢慢地退出历史的舞台。而取代人类出现在地球上的则是一种很像童话故事中才会出现的不明生物妖精。妖精的平均身高只有10公分，三头身的妖精们却拥有高度的智慧，而且非常喜欢吃糖果点心。作为最后一届的毕业生女主角（中原麻衣 配音）毕业之后就回到故乡樟树之里去接续祖父的工作，成为负责斡旋在妖精与人类之间的重要国际公务员“调停官”。虽然如此，由于妖精很少跟人类接触，因此她根本没啥工作可作，因此她想要好好研究妖精的生态。
内向、胆小、无法很好地表达自己的根娜·户古（燕井雪奈饰演）遇到了自由奔放、有些不可思议的真木真（滨比美博饰演），两人成为了好朋友。然而，在独自旅行之后，没有关于金的消息。金某失踪五年后，真爱仍然无法接受金某不在的事实。
