值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
古怪而沉默的出租车司机Ogogawa与一名女高中生的失踪有关。
世界遗弃战争结束后，埃尔西亚遭到严重破坏，生活环境变得非常恶劣。在这里，强者从弱者手中夺取了“数字计数”来证明他们的存在，而这个世界的生存法则早就是丛林法则。然而，当弱者面对欺凌时，总会有一个英雄为他们挺身而出。
