《阿雅与魔女》是改编自戴安娜·韦恩·琼斯的同名奇幻小说,故事描述不知道自己是魔女小孩的阿雅,在某一天被奇妙的家庭所收养,并且与坏心的魔女共同展开了生活,属于阿雅的奇幻故事就此展开。
与此同时,美丽的女孩西方圣女贞德(由里里洋子配音)被人们视为被恶魔附身的人,因为她能听到世界末日的声音。有一天,她遇到了天才发明家莱昂纳多·达·芬奇(由杉田纪和配音)。达芬奇偷偷赶走了武士,并带着圣女贞德和最新开发的盔甲大岛前往东星。信长意外地激活了大岛,这是西方星人无法控制的,他成为了传说中的救世主国王。他给圣女贞德取名为兰丸,这个女人成为了愚蠢的信长生命中最重要的存在。在战国时代的动荡时期,东方之星和西方之星之间的混乱即将开始