清静和宰（石来光宏配音）是一个善良而普通的年轻人。他的妹妹清静和叶（能藤美子配音）的去世永远改变了他未来的道路。袭击Heye的是一种被称为“NOVA”的外星实体。
上世纪中叶，漆黑阴森的湘南特别少年院二舍六房迎来了新的住客：因伤害罪和杀人未遂被捕的水上真理雄（小栗旬 配音）、强壮孔武的远山忠义（黒田崇矢 配音）、偷窃欺诈成性的前田升（朴璐美 配音）、有着异国英俊面容的横须贺丈（羽染達也 配音）、酗酒暴力的怪力男松浦万作（脇知弘 配音）以及狡诈精明的野本龙次（藤原啓治 配音）。黑暗的过去，悲伤的童年，让这群少年的未来充满绝望。幸运的是，二舍六房的前辈樱木六郎太（小山力也 配音）担当起教育少年们的责任，在芜杂的战后日本社会以及混乱黑暗的少管所内，樱木带着6名少年朝着光辉的梦想矢志不移前进…… 本片根据安部让二的同名漫画原著改编（漫画家柿崎正澄但当作画）。
電影版《來自深淵 深魂的黎明》很快將要在 2020 年 1 月 17 日於日本上映，官方特別為支持本作的粉絲製作了觀影特典，是將今年的愚人節企劃《マルルクちゃんの日常》以四個短篇動畫呈現，分為四週在正片之前上映。
