美术学校的大学生矶贝米路美(松山健一 饰)被新来的版画老师猪熊百合(永作博美 饰)吸引。他很快跟百合发生了关系,并且因为百合的成熟的魅力和不羁的性格而爱上了她。14年前,第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击,在世界上引发了前所未有的动荡。之后,前NERV成员,如葛成梅丽(三石琴配音)逃离并建立了Wille,Wille反抗Seele和NERV。