为了防止犯罪团伙报复他，信义决定匿名并秘密追捕他们，希望能获得解药。有一天，新一的女友Maurilan来到阿里医生家，寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南，然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生，他们一起组织了一支青年侦探队，向罪犯宣战！
很久以前，那是一个人类向往宇宙、充满探索精神的时代。世界各国在太阳系的各个行星上建造了新的城市，许多人在那里平静地生活。日本新道县之一，建在火星上，被称为“第四东京都”。
身负重伤的斗牙王用天生牙救活被猛丸杀死的爱人，随即与猛丸展开决战。恶战之后，斗牙王生命将终，他命冥加将天生牙和铁碎牙分别赐予杀生丸和犬夜叉，而拥有邪恶强大力量的丛云牙则被永久封印。 数百年后，丛云牙通过食骨井来到现代，并摆脱了封印的束缚。它先控制犬夜叉的身心，回到战国时代与杀生丸展开一番恶战。危难之际，戈薇的力量使丛云牙被迫离开犬夜叉的身体。但它很快又找到新的替身，并且将已化作白骨的刹那猛丸重新召唤回人间，向斗牙王的两个儿子展开报复……
