故事发生在德川幕府统治下的江户时代。在设定中，胸部的大小成为决定一切的标准，较大的胸部成为国王，较小的胸部成为战败的敌人。因此，拥有可以放大乳房的祖传秘书的魔乳一族，真正将生死掌握在他们手中。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
