在繁华城市的夜晚，古董从拥挤的电车里冒出来。血腥屠杀后，古董们带着信乃（桥本爱配音）逃走了，但被后面冷漠残忍的换衣服女孩小叶（水木奈奈配音）斩首。随后，两名年轻女孩和另一群人被“塔”追捕。
その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
《光之心》的故事开始于一天，男主人公里克在温达里亚岛海岸发现了一个名叫惠叶的神秘女孩。后来，她发现自己的记忆和情绪已经丧失，通过与岛上居民的精神交流，慧叶逐渐恢复了自己的情绪。
