季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
宇宙中一个超级黑洞,正在向塞博特恩袭来。但是,没有任何对抗这个黑洞的手段,塞博特恩只有被消灭的命运。就在这个时候,一个叫引天行的古代战士穿越时空,来到了塞博特恩。