圣诞节前夕,无数人在卡森共和国自来水公司和哈里·曼达拉公司签署协议的大楼外抗议。就在这时,担任警卫的警察机动部队突然拔枪,对示威者进行了不分青红皂白的屠杀。在血腥恐怖的事件背后,神秘的病毒“火花”若隐若现。
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
ついに感動のフィナーレ! ! ! 愛と感動のアットホーム・ラブコメ、最後まで見届けよ!